Na de release van de films maakten beide zussen bekend transgendervrouwen te zijn. Lilly deed dat in 2012 en Lana in 2016. Fans meenden al metaforen voor transseksualiteit te hebben gezien in de films.
"Er zijn in het verhaal inderdaad metaforen voor transseksualiteit te vinden", zegt de 52-jarige Wachowski 21 jaar na het verschijnen van The Matrix. "Ik ben blij dat bekend is geworden dat dit de oorspronkelijke bedoeling was. De wereld was er destijds nog niet helemaal klaar voor."
Wachowski is blij met de reacties die ze van transgenderpersonen krijgt. "Sommigen komen naar me toe en zeggen: 'Die films hebben mijn leven gered.'"
Volgens de regisseuse is het personage Switch, gespeeld door Belinda McClory, genderfluïde. Zo is Switch een man in de schijnbare realiteit en een vrouw in de wereld van de Matrix.
Wachowski denkt dat haar eigen identiteit en die van haar zus hebben geholpen bij het bedenken van het verhaal. "We omarmen verschillende genres en willen iedereen erbij betrekken."