De 28-jarige Kromowidjojo stelde de zege veilig met een tijd van 24,48 seconden. Het podium op de kortste afstand werd gecompleteerd door Femke Heemskerk (tweede in 24,67) en Kim Busch (derde in 24,89), die net boven de WK-limiet van 24,73 seconden bleef.
Vorige week bij de Swim Cup in Den Haag tikte Kromowidjojo ook als eerste aan op de 50 vrij, toen in 24,60. De drievoudig olympisch kampioene zwom in de hofstad al de limiet voor de WK langebaan van komende zomer in het Zuid-Koreaanse Gwangju.
De 31-jarige Heemskerk voldeed eind maart bij de Golden Tour-wedstrijden in Marseille al aan de prestatie-eis op de 50 vrij.
Bij de mannen ging de zege op de 50 vrij in Eindhoven naar Jesse Puts. De wereldkampioen kortebaan van 2016 noteerde een tijd van 22,16 en daarmee bleef hij opnieuw boven de limiet voor de WK, die op 21,94 staat.