Gemiddeld wisselt een Londense woning nu voor 455.594 pond (zo'n 530.000 euro) van eigenaar, aldus de Britse financieel dienstverlener.
Volgens Nationwide gaan minder mensen op zoek naar een nieuwe woning en komen er ook steeds minder huizen op de markt. Daarnaast staat het consumentenvertrouwen sinds de jaarwisseling onder druk.
Onderzoeksbureau Royal Institution of Chartered Surveyors (RICS) wees er eerder deze maand al op dat de onzekerheden rond de Brexit de woningmarkt in het Verenigd Koninkrijk verdere schade zullen toebrengen.
Koopwoningen in Engeland voor het eerst sinds 2012 goedkoper
In Engeland daalden de prijzen van koopwoningen voor het eerst sinds 2012, met 0,7 procent op jaarbasis. In Schotland, Wales en Noord-Ierland stegen de prijzen juist.
"De woningprijzen in het zuiden van Engeland liggen nog steeds ruim boven de piek die we voor de financiële crisis bereikten", zegt hoofdeconoom Robert Gardner van Nationwide daarover.
"De huizenprijzen in Noord-Engeland, Wales en Schotland liggen daarentegen nog dicht bij het niveau van 2007. En in Noord-Ierland zijn woningen nog altijd ruim 35 procent goedkoper dan op hun piekniveau", aldus Gardner.