Khan had 600 miljoen Britse pond (zo'n 680 miljoen euro) over om de voetbaltempel in Londen over te nemen van de Engelse voetbalbond FA.
De FA laat in een korte reactie op zijn website weten de beslissing van Khan "erg jammer te vinden maar volkomen respecteert".
Als de 67-jarige geboren Pakistaan Wembley in zijn bezit zou hebben gekregen, dan was het stadion met een capaciteit van 90.000 gewoon de locatie voor interlands van het Engels elftal en wedstrijden als de FA Cup Final gebleven.
'Wie kan daar nou op tegen zijn?'
Khan legde eind april in een verklaring op de website van Fulham nog uit dat hij grootse plannen had met Wembley en wilde daar zo snel mogelijk aan beginnen.
"Het voordeel van de overname zou zijn dat de FA jaarlijks honderden miljoenen euro's overhoudt om te investeren in het amateurvoetbal en de ontwikkeling van talenten. Wie kan daar nou op tegen zijn?", vroeg hij zich af.
"Een eventuele overname van Wembley heeft in ieder geval geen enkele invloed op mijn ambities met Fulham en de plannen voor de verbouwing van de Riverside Stand."
Khan zag 'zijn' Fulham eind vorig seizoen naar de Premier League promoveren en mede dankzij zijn geld konden de 'Cottagers' afgelopen zomer spelers als André Schürrle (Borussia Dortmund) en Jean Seri (OGC Nice) halen.