Dat maakt het Luxemburgse ministerie van Financiën vrijdag bekend.
EU-commissaris Margrethe Vestager (Mededinging) eiste in oktober dat het land dit bedrag moet terugvorderen, omdat Amazon te weinig belasting zou hebben betaald.
Amazon is in Luxemburg gevestigd en geniet volgens Vestager illegale staatssteun door gunstige belastingafspraken uit 2003. Deze deal werd in 2011 verlengd.
Maar volgens Luxemburg heeft de Europese Commissie het bestaan van een selectief voordeel voor Amazon niet kunnen aantonen. Ook is het land het niet eens met de rekenmethode die de commissie heeft gebruikt voor het berekenen van de vordering.
"Deze oproep, die bedoeld is om juridische duidelijkheid te verkrijgen, doet niets af aan het streven van Luxemburg naar transparantie in belastingzaken en de strijd tegen schadelijke belastingpraktijken."
Minder belasting
Amazon hoefde over bijna drie kwart van de winst geen belasting te betalen. Daardoor droeg het bedrijf vier keer minder af dan andere lokale bedrijven, zei Vestager toen.
Dat druist tegen de Europese regels in. ''Lidstaten mogen geen belastingvoordelen geven aan multinationals die niet beschikbaar zijn voor anderen."
Amazon heeft eerder gezegd geen speciale behandeling van Luxemburg te hebben gehad. Het bedrijf stelt volgens het internationaal belastingrecht belasting te hebben afgedragen.
Fiat
In 2015 werd Luxemburg al opgedragen 30 miljoen euro terug te vorderen van Fiat. De Europese Commissie onderzoekt ook belastingafspraken met McDonald's en het Franse energieconcern Engie.
Verder heeft de Europese Commissie Ierland opgedragen achterstallige belasting te innen bij Apple. Nederland zou nog belasting moeten ophalen bij Starbucks.